Mikrobiologické ukazatele fekálního znečištění patří z pohledu ochrany lidského zdraví k nejvýznamnějším při sledování jakosti Povrchových vod. Jejich největším zdrojem jsou – i přes zavádění nejlepších dostupných technologií – čištěné i nečištěné komunální odpadní vody. V ČR je téměř 90 % obyvatel napojeno na lokální veřejné kanalizace, jež jsou zaústěny na ČOV, kde jsou čištěny tak, aby mohly být vypouštěny do recipientů. Pomocí sledování mikrobiální kontaminace Vltavy pod Ústřední čistírnou odpadních vod (ÚČOV) Praha byla určena míra zatížení vodního toku fekálním znečištěním v 10km úseku pod ústím odpadních vod v obdobích s různým průtokem. Jako další zdroje byly sledovány menší přítoky Vltavy, které do ní přinášejí čištěné odpadní vody z lokálních čistíren odpadních vod (ČOV). Od dubna 2022 do března 2023 byly na 10 profilech monitorovány počty indikátorů fekálního znečištění: Escherichia coli, intestinální enterokoky termotolerantní (fekální) koliformní bakterie a Clostridium perfringens. Výsledky monitoringu ukázaly na poměrně významné mikrobiální znečištění Vltavy v oblasti vyústění ÚČOV a zároveň bylo poukázáno na dobrou samočisticí schopnost toku Vltavy v nadcházejícím úseku, tedy na poměrně dobrý potenciál možného využití Vltavy v Praze i pod Prahou, s výjimkou úseku bezprostředně ovlivněného ústím čištěných odpadních vod z ÚČOV Praha. Obecně by bylo vhodné zaměřit se na zvýšení informovanosti prostřednictvím této i podobných studií, aby mohla být voda lépe využívána a naopak, aby neznamenala hygienicky významné riziko (možností přítomnosti patogenních mikroorganismů, včetně nositelů antibiotické rezistence) při jejím nevhodném využívání.